蒸发式冷凝器在运行过程中存在的最大问题是形成水垢和污垢，而且由于其蒸发汽化的工作机理，它比其他类别的冷凝器更易结垢。因此，对于蒸发式冷凝器的维护保养，主要就集中在如何解决蒸发式冷凝器的结垢问题。由于管子表面上的水不断蒸发式冷凝器的工作环境在室外，且高温潮湿，易于腐蚀，因此其上箱体和下箱体应保证足够的镀锌厚度。由于管子表面上的水不断蒸发易结垢，而结垢将大大降低蒸发式冷凝器的换热性能，为此，可以采取以下的措施来解决蒸发式冷凝器的结垢问题。在平常的运行中，要保持设备管路的清洁，要经常做预防性检测，以最大程度地实现蒸发式冷凝器的维护与保养。

蒸发式冷凝器采用悬臂型蒸发式冷凝器：主机在起停的过程中，由于冷凝器蛇形管存在着压力差和温度差，导致铜管产生伸缩超直效应，由于铜材、垢质膨胀系数差别很大，因而悬臂型蒸发式冷凝器有自动脱垢的功能。在运行过程中由于制冷剂在冷凝器中发生两相转换产生高频震动，因此很难形成结垢核心，导致水垢无法附着管壁；冷凝器制作时进行预膜防垢处理，可有效的阻止污垢晶体在铜管表面上附着；采用少量连续排水装置，将冷却循环水的钙离子的浓缩倍数控制在一定范围内，有效的防止垢质的析出；设置预冷器，使冷凝器管的表面蒸发温度在50℃以下，采用大水量，密集型布水器，确保冷凝器管表面时刻被水膜包覆，无干涸点。当换热盘管的表面温度低于50℃时，产生的垢质疏松，易于冲洗，当其表面温度高于50℃时，产生的垢质坚硬，难以清除。（5）设置档水板，使较高温度的冷凝管上无水沾附，可有效地预防冷凝器结垢。